在腸道菌群失調症中綠膿桿菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色。健康人的胃腸道內寄居著種類繁多的微生物，這些微生物稱為腸道菌群。腸道菌群按一定的比例組合，各菌間互相制約，互相依存，在質和量上形成一種生態平衡，一旦機體內外環境發生變化，特點是長期應用廣譜抗生素，敏感腸菌被抑制，未被抑制的細菌而乘機繁殖，從而引起菌群失調，其正常生理組合被破壞，而產生病理性組合，引起臨床癥狀就稱為腸道菌群失調症(alteration of intestina flora)。本症的發生率約為2%～3% 。
㈠飲食因素：運用測定細菌酶類的方法研究菌叢代謝活性的結果表明，飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物能促進細菌易位。Spaeth G用大鼠作試驗研究，結果表明食物纖維能維持腸道菌群正常生態平衡，且細菌代謝纖維的終產物對小腸上皮有營養作用，纖維能維持腸粘膜細胞的正常代謝和細胞動力學。Hosoda等報道加入纖維的低渣飲食對保存腸的結構和功能有好的效果，纖維的保護作用是否通過直接刺激激腸粘膜或誘導釋放營養性胃腸激素尚不清楚。食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
㈡菌叢的變化因素：菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。在平衡狀態下，所有的生態學地位都被佔據。細菌的暫時棲生可使生態平衡發生改變。
㈢藥物的代謝因素：腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可導致結腸菌叢的改變，其取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。氯林可黴素和氨苄青黴素可造成大腸內生態學真空狀態，使艱難梭菌增殖。應用甲氰咪胍等H2-受體拮抗劑可導致藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
㈣年齡因素：隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙尾菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能維持年青時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
㈤胃腸道免疫功能障礙因素：胃腸道正常免疫功能來自粘膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道粘膜合成單體，或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無癥狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
㈠細菌生長過盛：胃腸道的解剖和生理學異常會導致近段小腸內結腸型叢增殖，而出現各種代謝紊亂，包括脂肪瀉，維生素缺乏和碳水化合物吸收不良。並可伴發生於小腸假性梗阻、硬皮病、糖尿病性植物神經病變、慢性營養不良等。小腸內細菌生長過盛，其多種厭氧菌(主要有類桿菌、雙岐桿菌、韋榮氏球菌、腸球菌和梭狀芽胞桿菌)能水解結合膽鹽，導致微膠粒形成障礙、肝硬化、無明顯代謝紊亂的低胃酸症等。結腸菌叢的改變能導致因廣泛小腸切除後伴有神經功能不全的D-乳酸性酸中毒。應用廣譜抗生素，尤其是氯林可黴素和氨苄青黴素能使艱難梭菌增殖，產生一種蛋白質黴素，引起結腸粘膜壞死和潰瘍，稱為假膜性結腸炎。
㈡細菌產生IgA分解酶：溶血性鏈球菌屬、綠色鏈球菌、肺炎鏈球菌屬、流感嗜血桿菌屬、腦膜炎雙球菌，淋病雙球菌屬等菌能夠產生分解IgA的蛋白酶，並能分解人血清中的IgA1和初乳中的分泌型IgA。其中前2例細菌是構成口腔內菌群的主要菌種，後4種則為附著粘膜表面增殖的毒力性強的致病菌。由此可見，IgA蛋白酶對於這些細菌在粘膜表面作為常住菌生存或致病都是至關重要的。
㈢腸道叢與結核癌：結腸菌叢產生多種具有代謝活性的酶類，在一些自然產物、食物保存劑、染料、添加劑及污染物質變為致突變物質的反應中起媒介作用。許多細菌可因長期接觸底物而使細菌酶系系統活性增高。若此底物為致癌物原(procarcinogen)，則長期接觸可使致癌物質的產生增加。
癥狀體症
本症以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主要臨床表現，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本症。腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣。真菌感染可呈泡沫樣稀便，有腥臭味，膿血便;葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降;白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸粘膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭粘液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織;綠膿桿菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴噁心、嘔吐、多有水、電解質紊亂，重症可發生休克。有些旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服。近年來，由於冰箱的普及使用，有的家庭儲存大量的肉食品及疏萊，過久的儲存使食物變質，食用後引起腸道菌群失調，造成嘔吐、腹瀉，有地出現精神不集中甚至精神恍惚。
臨床常見腸道菌群失調症狀類型如下：
㈠白色念珠菌性腸炎：是腸道菌群失調症最常見的一種。多見於瘦弱的嬰兒、消化不良、營養不良、糖尿病、惡性腫瘤、長期應用抗生素或激素的患者。
㈡葡萄球菌性腸炎：多見於長期應用抗生素(四環素類、氨苄青黴素等)、腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。
㈢產氣莢膜桿菌性急性壞死性腸炎：產氣莢膜桿菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈣綠膿桿菌腸道感染：綠膿桿菌為條件致病菌，常為繼發感染，在嬰幼兒、老人、某些惡性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈤變形桿菌腸道感染：變表桿菌在一定條件下可為條件致病菌，如普通桿菌、奇異桿菌、摩根氏變形桿菌均可引起食物中毒，無恆變形桿菌可引起嬰幼兒夏季腹瀉。
㈥肺炎桿菌腸道感染：當機體抵抗力降低或其他原因，正常寄生在腸道的肺炎桿菌可引起感染，特別是小兒的嚴重腹瀉。
應與下面的癥狀相鑒別診斷：
嬰兒褐色或暗綠色的粘液便 糞便量減少呈粘液、色暗褐或暗綠，往往在消化不良、限制食量後發生，多喂一些奶就會恢復。
同時需注意與其他原因引起的腹瀉相鑒別，菌群培養可以鑒定腸道致病菌的種類。
癥狀體症
本症以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主要臨床表現，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本症。腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣。真菌感染可呈泡沫樣稀便，有腥臭味，膿血便;葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降;白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸粘膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭粘液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織;綠膿桿菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴噁心、嘔吐、多有水、電解質紊亂，重症可發生休克。有些旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服。近年來，由於冰箱的普及使用，有的家庭儲存大量的肉食品及疏萊，過久的儲存使食物變質，食用後引起腸道菌群失調，造成嘔吐、腹瀉，有地出現精神不集中甚至精神恍惚。
臨床常見腸道菌群失調症狀類型如下：
㈠白色念珠菌性腸炎：是腸道菌群失調症最常見的一種。多見於瘦弱的嬰兒、消化不良、營養不良、糖尿病、惡性腫瘤、長期應用抗生素或激素的患者。
㈡葡萄球菌性腸炎：多見於長期應用抗生素(四環素類、氨苄青黴素等)、腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。
㈢產氣莢膜桿菌性急性壞死性腸炎：產氣莢膜桿菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈣綠膿桿菌腸道感染：綠膿桿菌為條件致病菌，常為繼發感染，在嬰幼兒、老人、某些惡性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈤變形桿菌腸道感染：變表桿菌在一定條件下可為條件致病菌，如普通桿菌、奇異桿菌、摩根氏變形桿菌均可引起食物中毒，無恆變形桿菌可引起嬰幼兒夏季腹瀉。
㈥肺炎桿菌腸道感染：當機體抵抗力降低或其他原因，正常寄生在腸道的肺炎桿菌可引起感染，特別是小兒的嚴重腹瀉。
合理應用抗生素。對年老體弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，嚴格掌握適應症，最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素。對老、細及病後體弱者，在用抗生素的同時並配合使用乳酸菌素或雙岐桿菌活菌製劑及維生素B族或維生素C等，以防腸道菌群失調。在大手術前，應注意配合全身支持療法，如提高營養、輸血、肌注丙種球蛋白、服用維生素等。
腸道菌群失調症狀除引起嚴重吐瀉脫水、失血、發生毒血症、甚至休克，預後較差外，一般預後良好。