疼痛為最早癥狀,多系由腫瘤擴大侵犯或壓迫鄰近重要組織或器官所引起。位於骶尾部的腫瘤常引起尾部疼痛,
隨後局部出現腫塊,並逐漸長大,從皮下隆起,也可向盆腔內發展,壓迫膀胱和直腸,引起尿失禁,便秘,坐骨神經痛等癥狀。位於蝶枕部的腫瘤可壓迫視神經及其他腦神經,腦垂體、腦幹等,在後期並可引起顱內高壓。在椎管周圍有脊髓受壓者,可引起根性疼痛、截癱、大小便失禁等。X線表現頭顱脊索瘤多見於顱底、蝶鞍附近,蝶枕軟骨連合處及岩骨等處。骨質破壞邊界尚清楚,可有碎骨小片殘留和斑片狀鈣化物質沉積。並可有軟組織腫塊凸入鼻咽腔,一般較大,邊緣光滑。脊索瘤腫塊突出顱腔時可使鈣化松果體移位,偶可引起顱內高壓。頸椎的脊索瘤常位於上頸椎,尤在頸椎和枕骨交界處,多累及椎體、椎弓根偶爾也可受到侵犯,軟組織腫塊,常為突出的早期表現。胸椎脊索瘤較少見。發生於脊柱的脊索瘤最多見於骶尾部,常位於骶尾骨交界處,患骨明顯膨脹,骨內正常結構消失,呈毛玻璃樣陰影,腫瘤呈溶骨性缺損,有時可穿破骨皮質向臀部及盆腔內擴展,形成邊緣清楚的腫瘤性軟組織塊影,中間可有殘餘骨質硬化或散在不成形的鈣化點,局部密度增高,造影檢查,可顯示直腸、膀胱、子宮等鄰近器官或組織受壓推移表現。骶椎以上脊柱的脊索瘤,累及單個或2~3個鄰近的椎體時,骨質呈溶骨性破壞,有時可見散在鈣化點。單個椎體損害時,可見圓形或斑點狀骨質稀疏區。