尿路感染可出現反覆不愈的感染。重新感染是指菌尿轉陰後，另一種與先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿轉陰6周後再發。婦女的尿路感染再發，85%是重新感染。
有兩個因素可引起尿路感染的複發：
(1)14天療程僅抑制腎臟深部組織的病原菌，而未徹底清除。
(2)尿路結構異常(如結石)，至少一部分患者對6周療程有效。
臨床表現
重新感染是指菌尿轉陰後，另一種與先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿轉陰6周後再發。婦女的尿路感染再發，85%是重新感染。
對於複發性UTI患者，應特別注意詢問性生活史、對治療的反應、停止治療與複發的時間關係：UTI複發與性交有關的女性患者，對每次性交後給予的抗生素治療可能有效;由沙眼衣原體感染所致的急性尿道綜合征女性患者，對抗衣原體治療可能暫時有效，但她們可從未經治療的性伴侶再次感染(即所謂乒乓感染)，只有在雙方同時治療時才能治癒。判斷女性UTI的反覆發作是複發還是重新感染，可參考前次治療結束與下次出現感染症狀之間的時間長短。多數女性感染的複發是在4～7天出現。女性的重新感染，如果沒有膀胱功能障礙或某些其他泌尿道功能紊亂存在，兩次發作之間通常有一個較長的間歇期。
反覆不愈的感染的鑒別診斷：
1、複發性尿路感染是在1年內反覆發作3次或3次以上者，稱為複發性尿路感染。男性可因前列腺炎或增生、腫瘤引起。
2、反覆感染：醫學上的感染，是指細菌、病毒、真菌、寄生蟲等病原體侵入人體所引起的局部組織和全身性炎症反應。反覆感染即指反覆經常性感染。導致反覆感染原因很多，其中包括非免疫因素(如皮膚黏膜屏障損傷)和免疫性原因。現代醫學認為，反覆感染與免疫因素的相關性是個十分複雜的課題。
臨床表現
重新感染是指菌尿轉陰後，另一種與先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿轉陰6周後再發。婦女的尿路感染再發，85%是重新感染。
對於複發性UTI患者，應特別注意詢問性生活史、對治療的反應、停止治療與複發的時間關係：UTI複發與性交有關的女性患者，對每次性交後給予的抗生素治療可能有效;由沙眼衣原體感染所致的急性尿道綜合征女性患者，對抗衣原體治療可能暫時有效，但她們可從未經治療的性伴侶再次感染(即所謂乒乓感染)，只有在雙方同時治療時才能治癒。判斷女性UTI的反覆發作是複發還是重新感染，可參考前次治療結束與下次出現感染症狀之間的時間長短。多數女性感染的複發是在4～7天出現。女性的重新感染，如果沒有膀胱功能障礙或某些其他泌尿道功能紊亂存在，兩次發作之間通常有一個較長的間歇期。
再發細菌性尿路感染(UTI)臨床上很常見，女性第一次尿路感染後約20%會再發。已有多種治療方案預防UTI的重新感染，且重新感染占再發的90%。但在開始治療前仍應該採取一些簡單的措施，性生活後立即排尿、不用精子殺滅劑及隔膜而改用其他的避孕措施。如這些辦法無效，則應針對不同患者採取最佳的預防治療方案。這種可接受的預防性藥物，應為小劑量有效、副作用少、費用低、對腸道正常分布的菌群影響少、且對抗菌葯的敏感性影響較少的藥物，因為腸道菌是尿感病原菌的主要來源。口服扁桃酸烏洛托品或馬尿酸烏洛托品加維生素C酸化尿液，對再發UTI有一定療效。當尿pH值在5.5以下時，烏洛托品可釋放甲醛，但這需要患者有極好的依從性和密切監測尿pH值。一組小劑量磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)和安慰劑的直接對照研究發現，安慰劑組女性UTI再發率為3.4患者年，扁桃酸烏洛托品加維生素C組為1.6患者年，磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)組為0.15患者年。
幾組前瞻性研究證實呋喃妥因(呋喃坦啶)50mg或結晶呋喃坦啶100mg睡前口服可預防UTI的再發，這一方案幾乎不影響腸道菌群(如有亦極小)。推測可能是間歇性地在尿路中發揮抗菌作用。儘管有效。但瑞典有報道長期口服呋喃妥因(呋喃坦啶)預防UTI再發可產生嚴重的副作用，包括慢性間質性肺炎、急性肺部超敏反應、肝損害、血細胞減少、皮膚反應、神經病變。另外，呋喃妥因(呋喃坦啶)也不能用於腎功能損害的患者。
對易再發UTI的女性最常用的預防方案可能是小劑量磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)，晚上臨睡前半片(甲氧苄啶40mg，磺胺甲噁唑200mg)，每周3次，UTI的再發率在0.2患者年以下。其有效性可維持數年，對每年再發2次以上的女性患者來說，這一方案費用很少。除磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)外，喹諾酮類亦可小劑量用於預防UTI的再發。小劑量療法在易感的腎移植受者中亦同樣能預防UTI再發。另外，小劑量喹諾酮類或磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)對預防性交後UTI亦同樣有效。
目前，預防UTI再發的療程長短仍難以確定，一般經驗是用6個月，如再發，再預防性治療1～2年或更長。雖然還未發現有明顯的副作用，但對女性健康方面的其他長期輕微的不良影響仍應注意;尤其是Freeman的一項男性慢性UTI的研究，磺胺與安慰劑、呋喃妥因(呋喃坦啶)或扁桃酸烏洛托品治療25個月的對比發現，磺胺組心血管死亡率明顯增加。考慮到長期預防性治療的副作用、患者的依從性及費用等問題，最終採用的方案是對有再發感染史的女性，予以磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(SMZ-TMP)、喹諾酮類或其他有效藥物的單劑量療法。一旦出現癥狀，即予以單劑量藥物治療，僅當患者服藥後癥狀不減輕或每半年發作4次以上時，才採取其他治療措施。