自由生活阿米巴(free-living ameba)是指廣泛地分布於自然環境，包括在泥土或水中細小的自由生活的阿米巴原蟲，可侵入人體的中樞神經系統、眼部和皮膚，引起嚴重損害甚至死亡。其中3種自由生活阿米巴可引起人類致死性腦炎和腦膜炎。據Qvarnstrom等報告,截至2006年10月至少已有440例由這3種阿米巴引起的嚴重中樞神經系統感染的病例。該病發病率雖然並不高，但病死率卻高達95%以上。自由生活阿米巴原蟲感染以雙鞭毛阿米巴科的耐格里屬（Naegleria）和棘阿米巴屬（Acanthamoeba）多見。
耐格里屬阿米巴中致病的主要是福氏耐格里阿米巴（N. fowleri）,往往引起兒童或未成年者的原發性阿米巴性腦膜腦炎（primary amoebic meningoencephalitis,PAME）。
棘阿米巴中的致病種主要是卡氏棘阿米巴（A. castellanii）,感染主要發生在抵抗力低下的人群，例如虛弱、營養不良、應用免疫抑制劑或AIDS病患者。
棘阿米巴可以通過皮膚上的切口、傷口或鼻孔侵入體內而引發擴散性疾患。一旦進入體內，阿米巴會隨血流散佈於身體各個部位，特別是肺、腦和脊索。引起阿米巴性皮膚損害、阿米巴角膜炎（Amebic Keratitis, AK）和肉芽腫性阿米巴性腦炎（granulomatous amebic encephalitis, GAE）。
鞭毛型阿米巴或滋養體型的阿米巴可侵入鼻腔粘膜增殖，並沿嗅神經通過篩狀板入顱內產生致病。
不衛生的鏡片護理或戴隱形眼鏡是阿米巴角膜炎（Amebic Keratitis, AK）的重要原因。
耐格里屬阿米巴中致病的主要是福氏耐格里阿米巴（N. fowleri）,往往引起兒童或未成年者的原發性阿米巴性腦膜腦炎（primary amoebic meningoencephalitis,PAME）,自1961年首報至今全世界已有近200例。此病潛伏期為1～7天，早期以上呼吸道癥狀為主，伴高燒、嘔吐，1～2天後即出現腦水腫徵象，迅速轉入癱瘓、譫妄、昏迷，病人常在1周內死亡。病理切片可見類似細菌性腦膜炎的特徵，以中性粒細胞浸潤為主，少數為嗜酸性粒細胞、單核細胞或淋巴細胞，宿主組織中僅可檢出滋養體而無包囊。
棘阿米巴中的致病種主要是卡氏棘阿米巴（A. castellanii）,感染主要發生在抵抗力低下的人群，例如虛弱、營養不良、應用免疫抑制劑或AIDS病患者。
棘阿米巴引起肉芽腫性阿米巴性腦炎以佔位性病變為主。潛伏期較長，腦脊液中以淋巴細胞為主，病灶中滋養體和包囊可同時存在。肉芽腫性改變為其病理特徵。棘阿米巴引發的嚴重、甚至是致死性的腦部感染和被稱為「肉芽腫阿米巴腦炎」的脊索感染。一旦發生了此感染，患者會出現頭痛、頸部僵硬、反胃嘔吐、疲憊、思維混亂、對周圍的人和環境缺乏反應、失去平衡感及對身體的控制、癲癇和出現幻覺等癥狀。病程超過數周，患者通常會死亡。
棘阿米巴引起的阿米巴性皮膚損害主要是慢性潰瘍，75％的AIDS病人有此併發症。
棘阿米巴角膜炎的癥狀與其它許多普通眼部感染癥狀相似。癥狀會持續數周至數月，各人所表現出的癥狀不盡相同，其早期主要表現如下：
? 眼痛
? 眼紅腫
? 視力模糊
? 對光敏感
? 眼睛有異物感
? 多淚
眼睛感染棘阿米巴的患者不會覺察到感染在體內的擴散。早期以基質浸潤斑、上皮細胞受累的樹枝狀病損而無明顯角膜潰瘍形成為特徵。
晚期以角膜環狀浸潤為特徵。角膜搔刮物或活檢病理檢查或培養可找到阿米巴原蟲。
反覆發作可致角膜潰瘍甚至角膜穿孔。
詢問病史結合病原學檢查為主。通過腦脊液或病變組織塗片可見中性粒細胞數增加，濕片中可見活動的滋養體。也可取腦脊液、眼的排泄物、角膜刮取物或活檢的病變角膜塗布在有大腸桿菌的瓊脂平板上進行培養，一般3-7天可見滋養體或包囊。
血清學診斷可用間接血凝試驗、間接熒光抗體試驗等，但一般無法作出早期診斷。近年來也有人開始應用PCR技術檢測病人分泌物中的阿米巴DNA或用DNA探針進行診斷。
多數的腦部和脊索棘阿米巴(肉芽腫阿米巴腦炎)患者預後較差。
對自由生活阿米巴引起的中樞神經系統感染，用二性黴素B靜脈給葯，可緩解臨床癥狀，但死亡率仍在95%以上。
酮康唑對原發性阿米巴性腦膜腦炎有時有效，劑量與用法同隱球菌性腦膜炎。四環素、利福平、磺胺嘧啶也有一定效果。一般抗阿米巴葯無效。肉芽腫性阿米巴腦炎可試用雙脒類衍生物如丙烷脒、戊烷脒等。
也有報告利福平可以治療病人。戊雙脒（pentamidine）合并口服磺胺葯有望治癒病人。
阿米巴性角膜炎需局部清創，1％硝基咪康唑、0．1％乙羧基巴龍黴素眼藥水或丙烷脒局部應用3～4周。
其他抗真菌和抗阿米巴的眼藥諸如洗必泰、聚六甲基雙胍、新黴素、多粘菌素B、克霉唑等。
藥物治療無效者可考慮角膜成形術或角膜移植。
皮膚阿米巴病患者則應保持皮膚清潔，同時以戊雙脒治療。
皮膚粘膜及角膜有破損者應盡量避免接觸污染的水和塵土。
應避免在不流動的水或溫水中游泳，在溫泉浸泡洗浴時應避免鼻腔接觸水。
啟用長期未用的自來水時應首先放去水管內的積水。
隱形眼鏡的使用者依下列行為指導，可以減少眼部的感染，包括棘阿米巴角膜炎的風險：
? 由專業護理人員對您的眼睛進行定期檢查。
? 依照專業護理人員制定的時間進程來佩戴和更換您的隱形眼鏡。
? 在進行任何接觸水的活動，包括淋浴、熱水盆浴或游泳之前，請除去您的隱形眼鏡。
? 接觸隱形鏡片前，用肥皂水洗手並將手吹乾。
? 從眼鏡護理專業人士那裡獲取廠商的要求和說明，依此來清洗鏡片。
1.每次清洗和儲存鏡片時，應使用新鮮的清洗液或消毒液。絕不能舊液再用，應將舊液遺棄。
2.絕不能用鹽水和潤眼液去消毒鏡片。二者都不是有效和正規的消毒劑。
? 用適當的容器來儲存多次使用的隱形眼鏡鏡片。
1.儲存容器應當用消毒過的鏡片保存液清洗(絕不能使用自來水)，每次使用後開蓋並乾燥。
2.至少每三個月更換一次。