防禦功能受損病人的潛在病原體可能很多。但是根據宿主免疫缺陷的性質，X線改變和臨床癥狀的類型，往往能判斷出最可能的病原體。根據病人免疫缺陷的類型，應指出，呼吸道癥狀和胸部X線檢查異常可能由感染以外的各種原因所致，如肺出血，肺水腫，放射性損傷，細胞毒性藥物造成的肺損害以及腫瘤浸潤。
免疫缺陷可能是先天性的，也可以是後天獲得性的。出生時就存在的免疫疾病通常是遺傳性的。
免疫缺陷者肺炎是由於患者自身免疫系統缺陷而引起的肺炎，其發病往往與病原體感染有關。防禦功能受損病人的潛在病原體可能很多。但是根據宿主免疫缺陷的性質，X線改變和臨床癥狀的類型，往往能判斷出最可能的病原體。
疾病的進展速度有助於了解發病的原因。出現急性癥狀的病人，其可能的診斷是細菌性感染，出血，肺水腫，白細胞凝集素反應或肺栓塞。癥狀呈亞急性或慢性者，則提示真菌或分枝桿菌性感染，機會性病毒感染，卡氏肺孢子蟲性肺炎，腫瘤，細胞毒性藥物反應或放射損傷的可能性較大。
胸部X線檢查異常的類型也有助於判斷。X線顯示局限化的病變伴有實變，一般表明感染涉及細菌，分枝桿菌，真菌或諾卡菌屬。間質性病變多半代表病毒感染，肺孢子蟲性肺炎，藥物或放射損傷或肺水腫。瀰漫性小結節狀病灶提示分枝桿菌，諾卡菌屬，真菌或腫瘤。空洞性病變提示分枝桿菌，諾卡菌屬，真菌或細菌。
由於病原體繁多，故需強調病因診斷，大多數傳染病有特異療法，治療不當會有較高的病死率。診斷方法因臨床表現及所能採取的手段而異。首先要作痰染色和培養，其結果往往對診斷無決定意義。在免疫缺陷病人，由於有治療不當的危險，需採取有創性手段(如支氣管鏡檢,經胸壁肺穿刺或開放式肺活檢)以利明確診斷。通過支氣管鏡檢(經支氣管活檢)或開放性手術獲取組織，用於組織學檢查或培養。雖然採取後一種辦法一般需全身麻醉且在術後要留置胸導管，但可以在直視下在病變部位採取足夠的標本。此辦法仍是最有診斷價值的可靠措施。然而，許多病人病情太重，無法承受有創性活檢。在這種情況下，經纖維支氣管鏡與支氣管肺泡灌洗常可提供具有診斷價值的標本。
在免疫缺陷病人，由於有治療不當的危險，需採取有創性手段(如支氣管鏡檢,經胸壁肺穿刺或開放式肺活檢)以利明確診斷。通過支氣管鏡檢(經支氣管活檢)或開放性手術獲取組織，用於組織學檢查或培養。雖然採取後一種辦法一般需全身麻醉且在術後要留置胸導管，但可以在直視下在病變部位採取足夠的標本。此辦法仍是最有診斷價值的可靠措施。然而，許多病人病情太重，無法承受有創性活檢。在這種情況下，經纖維支氣管鏡與支氣管肺泡灌洗常可提供具有診斷價值的標本。
出現急性癥狀的病人，要細菌性感染，出血，肺水腫，白細胞凝集素反應或肺栓塞等鑒別。
癥狀呈亞急性或慢性者，則與真菌或分枝桿菌性感染，機會性病毒感染，卡氏肺孢子蟲性肺炎，腫瘤，細胞毒性藥物反應或放射損傷的可能性較大等相鑒別。
免疫缺陷者肺炎的主要併發症是肺部的感染，包括細菌、病毒、衣原體、支原體、真菌感染等。
應保持充足的營養、良好的個人衛生，以及避免吃未煮熟的食物和接觸感染疾病患者。有些人必須飲用瓶裝水，應戒煙，避免被動吸煙和使用違禁藥物。特別注意口腔保健，預防口腔感染。能產生抗體的人可以接種疫苗，但對B淋巴細胞或T淋巴細胞缺乏的人只能用滅活的病毒、細菌疫苗，而不能接種活疫苗(如口服脊髓灰質炎疫苗，麻疹、流行性腮腺炎、風疹和卡介苗)。
由於病原體繁多，故需強調病因診斷，大多數傳染病有特異療法，治療不當會有較高的病死率。
對疑有感染的急性病人，常根據推測及痰液革蘭氏染色與培養結果選用藥物治療。診斷較肯定之後再對治療行調整。